Diagnostický rozsah laboratoře zahrnuje metody jak přímé, tak nepřímé detekce.
V bakteriologii využíváme zejména přímého průkazu agens, jenž zahrnuje mikroskopii, kultivaci, identifikaci fenotypovými metodami, analýzu hmotového spektra MALDI-TOF, detekci antigenu imunochemickými testy a v opodstatněných případech kvalitativní stanovení antibiogramu.
U obtížně kultivovatelných a nekultivovatelných bakteriálních agens, virů a parazitů provádíme nepřímý sérologický průkaz protilátek. Zde využíváme metody chemiluminiscenční imunoanalýzy a western blotů pro konfirmaci.